Ο βακτηριολογικός έλεγχος του σπέρματος συνήθως αφορά την παρουσία αερόβιων και αναερόβιων βακτηριδίων, μυκοπλάσματος, ουρεοπλάσματος και χλαμυδίων.

Τα αερόβια και αναερόβια βακτηρίδια ελέγχονται με αερόβια και αναερόβια καλλιέργεια αντίστοιχα, το μυκόπλασμα και ουρεόπλασμα με βιοχημικές μεθόδους ενώ τα χλαμύδια με την μέθοδο του άμεσου ανοσοφθορισμού.

Η παρουσία μικροβίων έχει αποδειχθεί ότι επηρεάζει διάφορες παραμέτρους του σπερμοδιαγράμματος, ιδιαίτερα την κινητικότητα των σπερματοζωαρίων.
Η παρουσία ουρεοπλάσματος μπορεί να οδηγήσει σε αυξημένο ποσοστό αποβολών.

Χρησιμοποιούνται ακόμη τεχνικές μοριακής βιολογίας για την ανίχνευση τόσο μικροβίων όσο και ιών.

Μετά τον εντοπισμό του συγκεκριμένου παθογόνου μικροβίου, ακολουθεί η ταυτοποίηση του μικροβίου και η μελέτη της ευαισθησίας του σε διάφορα αντιβιοτικά (αντιβιόγραμμα). Αφού συστηθεί αντιβιοτική θεραπεία για την καταπολέμηση του μικροβίου, η ορθή πρακτική επιβάλλει τον επανέλεγχο με νέα καλλιέργεια, μετά το πέρας της θεραπείας, προκειμένου να διαπιστωθεί ότι το γνωστό μικρόβιο έχει όντως καταπολεμηθεί και ότι η νέα καλλιέργεια είναι πλέον στείρα μικροβίων. Για την καλλιέργεια σπέρματος ιδανικά θα πρέπει να έχουν προηγηθεί 2-5 ημέρες χωρίς εκσπερμάτιση.